PCR分几种？别再犯晕分不清了（附引物设计网站）

本文1000字，阅读耗时预计5分钟，重点内容已于文末加粗。

聚合酶链式反应（PolymeraseChainReaction，PCR）是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，在生物、临床、法医甚至考古等多个领域有广泛的应用。然而，PCR究竟分为几类？区别与联系又是什么？

一、PCR与RT-PCR

众所周知，PCR的原理是将模板DNA（templateDNA）特定扩增放大的反应。模板DNA可以用基因组DNA等作为模板，也可以用RNA链逆转录（reversetranscription，RT）成为互补DNA（complementaryDNA，cDNA），再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。一般来说，如果如果使用逆转录的cDNA作为模版，那么就可以称为RT-PCR（reversetranscription-PCR,逆转录PCR）。简单说，RT-PCR就是在基本PCR反应之前有RNA逆转录（RT）的过程，并以逆转录的产物cDNA进行PCR扩增。

二、那什么是qPCR、real-timePCR？

其实qPCR（quantitativePCR）和Real-timePCR是一回事，都是实时定量PCR，指的是PCR过程中每个循环都有数据的实时（real-time）记录，因此可以对起始模板数量进行精确的分析。其原理是在PCR反应体系中加入荧光基团，利用合成双链DNA过程中加入的荧光信号积累实时监测整个PCR进程，因而也称为实时荧光定量PCR（real-timefluorescentquantitativePCR）。

特别注意：虽然real-timePCR和reversetranscriptionPCR（反转录PCR）英语语法上都可以缩写为RT-PCR，而且文献中出现频率都不低。但是，国际上的约定俗成的是：RT-PCR特指反转录PCR，而real-timePCR一般缩写为qPCR（real-timePCR➡quantitativereal-timePCR➡qPCR）。这一点不仅中国科研员偶有混淆，外国科学家也有很多分不清。

三、什么是qRT-PCR？

quantitativeRT-PCR中间的“RT”是reversetranscription（逆转录）的意思，。qRT-PCR指的是qPCR+RT-PCR的组合，是说将mRNA逆转录为cDNA后再作为模板进行实时荧光PCR分析。同样的，因为qPCR=real-timePCR=quantataivereal-timePCR,所以qRT-PCR=RT-qPCR(reversetranscriptionqPCR)=RRT-PCR(realtimeRT-PCR,这种缩写比较少见)。

简单说，小李个人认为，RT-PCR是从反应模板的角度命名，即模板是否为逆转录（RT）生成的cDNA；qPCR是从方法的角度命名，即该方法是否能够实时定量，两者不是互斥概念，二者结合就是qRT-PCR。

四、除了qRT-PCR外，RT-PCR是否可以定量？

其实PCR的产物都可以用两种方法定量：一种是real-timePCR，即实时定量PCR（qPCR）；另一种是-pointPCR，即终点定量PCR终点定量PCR是在PCR反应结束后通过对产物染色、获取照片后分析、定量的方法。由于步骤繁琐，主观性强，定量不准确、不能实时监控等缺点，在qPCR技术出现后已被逐渐取代，而qPCR则是目前为止最有效、最灵敏的核酸检测金标准方法。

重点总结：

1.RT-PCR是逆转录PCR，一定涉及RNA逆转录成cDNA的过程；

2.检测RNA表达含量的PCR一定是RT-PCR的一种；反之，如果模板不是RNA转录成的cDNA，切忌写成RT-PCR;

3.real-timePCR的缩写不是RT-PCR，而是qPCR,中文名称是实时定量（荧光）聚合酶链式反应；

4.qPCR、real-timePCR、quantataivereal-timePCR三者等同;

5.quantataivereal-timePCR不能缩写成qRT-PCR;

6.qRT-PCR、RT-qPCR、RRT-PCR三者等同，既属于RT-PCR，又属于qPCR。

最后，分享几个PCR中好用的网站

，查询基因序列的权威网站。

，优点是功能强大，缺点是页面复杂，需要较长时间学习。

两个机构的网站，数据可能权威性不足，仅供参考。

此外和是目前常见的两个引物设计软件。

参考资料：

1.RajeevanMS,VernonSD,TaysavangN,UngerER(February2001)."Validationofarray-basedgeneexpressionprofilesbyreal-time(kinetic)RT-PCR".(1):26–31.doi:10.1016/S1525-1578(10)60646-0.PMC1907344.

2.

3.