骨髓增生异常综合征（MDS）的预后评估为诊疗过程中不可或缺的部分。目前对于MDS预后评估常用的评分系统包括世界卫生组织预后评分系统(WPSS)，国际预后评分系统(IPSS)，修订版国际预后评分系统(IPSS-R)。上述3种评分系统均基于外周血细胞计数、骨髓中原始细胞计数及细胞遗传学改变，但是均未将基因突变纳入其中。研究显示，影响MDS患者生存的独立预后因素包括年龄、IPSS-R评分、EZH2、SF3B1及TP53基因突变，根据每个影响因素加权系数的不同将MDS患者分为低危组、中危-1组、中危-2组、高危组，4组患者的中位总体生存(OS)期分别为37.4、23.2、19.9、12.2个月。故MDS相关基因突变与其危险度存在显著相关关系，可以影响其OS率。

TP53、RUNX1、ASXL1、SRSF2及NRAS基因突变，均可以导致MDS患者骨髓中原始细胞比例增高，并且与血小板计数减低相关。其中，TP53基因突变还可以导致中性粒细胞绝对值减低，并且容易出现染色体复杂核型，因此P53基因突变可以作为MDS预后的独立危险因素。与此相反，2015年美国血液学会(ASH)年会提出，SF3B1基因突变为目前MDS唯一1个MDS预后良好的独立保护因素，但是如果伴有其他MDS相关基因突变，则无论骨髓原始细胞比例≤5％或者5％，均提示MDS患者预后不良。

2017年NCCN指南亦归纳总结了MDS中21种基因突变率及其对患者预后的影响，而这些基因突变均为后天获得性。MDS中存在40+种基因突变，超过80％的MDS患者至少携带1种基因突变，以TET2、SF3B1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、RUNX1、TP53、U2AF1、EZH2、ZRSR2、STAG2、CBL、NRAS及TP53基因突变最为常见。其中，骨髓原始细胞比例过高的MDS患者通常伴有RUNX1、NRAS及TP53基因突变，合并严重血小板减少症患者通常伴TP53基因突变，而SF3B1是唯一1个提示MDS预后良好的基因突变，并且SF3B1亦可以用于诊断RARS。将预后评分系统与MDS相关基因突变信息整合，会更加精准评估MDS预后，即可将MDS中IPSS或IPSS-R评分系统，联合相关基因突变对MDS患者进行危险度分组，例如IPSS分组为中危-1组或IPSS-R分组为中危组的患者如果伴有ASXL1基因突变，可以提高其危险度分组，将其划分为高危组。

MDS有恶性转化倾向，根据MDS恶性程度不同将MDS分为低级别MDS与高级别MDS。低级别MDS包括RARS，难治性血细胞减少伴单系病态(RCUD)，难治性血细胞减少伴多系病态造血(RCMD)；高级别MDS包括难治性贫血伴原始细胞增多(RAEB)-1，RAEB-2。其中，伴有DNMT3A、cohesincomplex、SF3B1、RUNX1基因突变的低级别MDS转化为高级别MDS的风险较未伴上述基因突变者增高；伴有IDHl/2、ASXL1、SRSF2/U2AF1、EZH2、RUNX1、TP53基因突变等的高级别MDS，转化为急性髓细胞白血病的风险较未伴上述基因突变者增高。

在MDS的发生、发展中，部分基因突变发生二次突变，从而使疾病发生恶性转化。NRAS与FLT3基因突变为MDS病程中较晚发生的事件，预示MDS转化为AML的风险增高。未检测到初诊MDS患者FLT3-ITD及c-KIT基因突变，同时JAK2V617F及IDH基因突变发生率亦较低。说明上述基因突变在MDS发病中并非主要因素，但是二次突变可能会促进MDS的发生、发展。